Management and exploitation of genetic diversity

La totalité de la collection de blé tendre, soit environ 10 000 accessions, a été évaluée pour une dizaine de caractères agro-morphologiques et des caractéristiques technologiques liées à la qualité du grain. La description de la diversité moléculaire d'un sous-échantillon de 4 000 blés pour 38 locus microsatellites a permis de constituer une core-collection de 372 individus représentant 98% de la variabilité. Un marquage plus fin de la diversité allélique pour certains gènes d'intérêt (SNP), de même que l'analyse du déséquilibre de liaison et des études de génétique d'associations géno-phénotypiques ont été entrepris sur cette core-collection.

Une méta-population de triticale a été créée à partir d'intercroisements entre des triticales primaires octoploïdes et des triticales adaptés hexaploïdes dans le but d'élargir la diversité exploitable. Cette population, menée en gestion dynamique dans six lieux, avec ou sans flux de gènes, donne lieu à un suivi de l'évolution en fonction du temps de la diversité génétique dans un contexte polyploïde particulier. Elle permet en outre des comparaisons intéressantes entre méthodes de gestion dynamique (in situ) et schéma d'amélioration classique. Le matériel est aussi conservé ex situ.

L'analyse des variations génétiques et environnementales de la teneur en micronutriments chez le blé tendre et l'identification de régions chromosomiques (QTL) contrôlant la composition du grain, notamment celle des protéines, des fibres et de micronutriments comme les caroténoïdes montre que de nombreux critères de qualité peuvent avoir une base génétique et que l'on peut trouver parmi des ressources génétiques exotiques ou des variétés plus adaptées des accessions d'intérêt à exploiter.

L'objectif affiché de ce programme collectif associant quatre unités de l'INRA (Clermont, Dijon, Mons et Rennes) est la création de variétés " rustiques de qualité ", c'est à dire des variétés adaptées à des conduites culturales à bas niveaux d'intrants (dans le cadre d'une agriculture plus soucieuse de l'environnement), mais également capables de répondre aux attentes de la filière en matière de qualité technologique. En ce qui concerne Clermont, l'équipe réalise une soixantaine de croisements par an, ce qui se traduit par le suivi de 2 000 descendances en moyenne chaque année. La valeur boulangère est estimée via la teneur en protéines, l'alvéographe Chopin et le test de panification BIPEA.

Le Centre de Ressources Génétiques (CRG) assure la description et la conservation de collections importantes d'espèces céréalières (environ 10 000 blés tendres, 6 500 orges, 1 000 triticales, 700 avoines, 50 seigles). Par collections, on entend d'une part du matériel génétique " patrimonial " : populations de pays, lignées anciennes, variétés radiées du catalogue, d'autre part du matériel " élite " constituant les programmes actifs de création variétale de l'INRA. La création et le maintien de ressources particulières d'intérêt génomique (populations de cartographie, lignées aneuploïdes, ...) sont également réalisés par l'équipe qui gère ainsi 6 500 accessions supplémentaires de blé tendre.

Les objectifs sont : 1/ affiner les méthodes moléculaires de caractérisation et d'identification du champignon pour l'étude de la dynamique des populations fongiques dans les sols et les contrôles de mycorhization et de qualité des produits à base de truffe. 2/ définir, au sein de l'association mycorhizienne entre une essence végétale et le champignon, les interactions entre génotype de l'arbre, génotype du champignon et environnement, sur l'établissement de la symbiose, puis la fructification. 3/ mieux comprendre le fonctionnement des symbiotes et les processus de fructification grâce au séquençage du génome de Tuber melanosporum.